Имя царевны Софьи Алексеевны начало появляться в правительственных внутренних документах осенью 1682 г. и употреблялось все чаще в бумагах учреждений, которыми руководил В.В. Голицын. К лету 1683 г. влияние Софьи настолько укрепилось, что ее признали правительницей придворные панегристы. Письменные и устные похвалы ее мудрости и добродетели особенно усилились к 1686 г., когда был заключен Вечный мир с Польшей. К этому времени относится поздравительное послание братьев Лихудов царевне Софье. Когда русское правительство задумало завести в Москве высшую школу с именем Академии, царь Федор и патриарх Иоким в 1682 г. просили Восточных патриархов о присылке в Москву православных и искусных учителей. Иоанникий и Сафроний Лихуды прибыли в Москву в 1685 г. и стали первыми преподавателями Славяно-греко-латинской академии. В течение восьми лет они преподавали грамматику, пиитику, риторику, логику и физику. Из учеников Лихудов образовалось целое поколение первых собственно русских ученых, каковы Ф.П. Поликарпов, А.К. Барсов, П.Ф. Постников, Палладий Роговский и другие.