Во время розыска у царевича Алексея Петровича, у его матери Евдокии, заточенной в Суздальский монастырь, и лиц из их окружения были изъяты и привезены в Тайную канцелярию сотни документов. В делах Тайной канцелярии имеются сведения «О бумагах по делу царевича запечатанных в ящик, поставленном в С.-Петербургскую крепость»; по ним можно проследить весь путь изъятия и перевозки бумаг. За хранением документов и их перемещением наблюдали назначенные Петром I тайный советник, лейб-гвардии капитан П.А. Толстой, генерал-поручик Батурлин, майор А.И. Ушаков.

27 августа 1718 г. по указу Петра «по розыскным тайным делам о побеге царевича Алексея Петровича и по суздальскому делу о бывшей царице монахине Елене подменные оригиналы, а именно собственноручные письма царского величества к сыну его, царевичевы на то ответные; и повинные письма о побеге его, и подлинные ж своеручные письма, что скинула своевольно с себя монашеское платье и ходила в мирском и жила с Степаном Глебовым блудно… А помянутый ящик с оригиналами запечатать государевою печатью при его превосходительстве тайном советнике и от лейб-гвардии капитане Петре Алексеевиче Толстом в бытность его в канцелярии Правительствующего Сената в присутствии там господ сенаторов».

Бумаги были сосредоточены по разделам. В первом, наиболее главном – переписка царя Петра I с царевичем, «повинное письмо» Алексея Петровича и «черновые манифесты» о его побеге (всего 33 документа). Во втором – бумаги по суздальскому делу о бывшей царице монахине Елены, письма, взятые из дома ее брата Авраама Лопихина и др.

9 января 1719 г. последовал указ: по описи Анисиму Щукину «тайные разыскные дела» принять в Канцелярию тайных розыскных дел. В Петербург из Москвы ящики были доставлены дьяком Тимофеем Палехиным и молодыми подьячими и поставлены «в Санкт-Петербургскую крепость в особую казарму у Васильевских же ворот».

Из документов Тайной канцелярии известно, что особый ящик закрывался ключом, который сохранился в РГАДА с запиской приложенной к нему, свернутой в виде конверта, на которой сохранились остатки сургучных печатей.