Первые упоминания о селе Измайлово относятся ко времени правления Ивана Грозного, который в 1573 г. пожаловал его младшему брату своей жены Анастасии Романовны Никите Романовичу Захарьину-Юрьеву. От Никиты Романовича оно перешло к его сыну Ивану Никитичу, который владел им до 1640 г. В 1652 г. село отошло в дворцовое ведомство и стало вотчиной царя Алексея Михайловича. С 1663 г. оно становится, по словам выдающегося историка XIX в. И.Е. Забелина, «царским хозяйственным хутором».

В это время здесь началось строительство дворцовой усадьбы; царь Алексей Михайлович приказал переселить сюда крестьян из других дворцовых вотчин; по указу царя здесь была заведена пашня, пчеловодство, шелководство, а также устроены сады. Вопрос о количестве садов, образованных по указам царя Алексея Михайловича в селе Измайлово принадлежит к числу спорных.  А. Кузнецов считает, что их было 6, а Кругликов – что 7. Среди этих садов были Виноградный, Просяной, Аптекарский или Круглый, Ботанический с «Вавилоном» («потешным» лабиринтом), Тутовый. Один из садов был расположен на острове у дворца. Еще один сад по предположению Кругликова «занимал островок в пойме у землянишника», ниже Красного пруда. На плане изображен Аптекарский или Круглый сад. Он был устроен при деревне Сафроново, «тянувшей» к селу Измайлово. На его месте теперь стоят главные ворота Измайловского парка. На плане он изображен в виде круга с двумя концентрическими окружностями внутри. По окружностям и радиусам пролегали дорожки. В сад вели ворота «от села Измайлово» и ворота «от Льняного двора». Секторы («четверти») Аптекарского сада отводились под фруктовые деревья и лечебные травы. Аптекарским садом занимались немецкие мастера Индрик Кашпир, Григорий Хут и Фалентин Давид. Под их руководством работали 15 садовников большей частью из стрельцов.